Algumas teorias apontam as causas do aparecimento do endométrio fora do útero. A mais conhecida é a “menstruação retrógrada”, que ocorre quando o fluxo sanguíneo volta pelas tubas uterinas, sendo derramado nos órgãos próximos, como ovários, peritônio, intestino. Outra teoria muito considerada para o desenvolvimento da doença são falhas no sistema imunológico.