Para as campanhas de vacinação, o PNI utiliza o Sistema de Informação API (em versão on-line) disponibilizado no site do DATASUS, sendo desenvolvido anualmente, de forma a atender as especificidades de cada campanha. Nesse período de transição de sistemas de informação, pelo menos “dois” sistemas de informação, além da versão on-line para registros de campanha, estão em uso até a completa substituição pelo SI-PNI:
O APIWEB
Para registro de doses aplicadas desde julho de 2013;
O SI-PNI
Naqueles munícipios que já implantaram esse sistema. Quando o usuário instala e passa a utilizar o SI-PNI, o APIWEB não deve mais ser utilizado. O mesmo acontece para o SI-CRIE e SI-AIU.
Cada sistema de informação é constituído por instrumentos de coleta de dados específicos, padronizados nacionalmente e disponibilizados na internet para download pelos serviços de vacinação. Por exemplo, para quem ainda utiliza o APIWEB.