Para os outros sistemas de informação existem os instrumentos específicos de coleta de dados (como exemplos: a ficha de registro do vacinado, a ficha de registro de movimento de imunobiológicos, a ficha de notificação e investigação dos eventos adversos pós-vacinação, entre outros).
A partir desses instrumentos, obtêm-se as variáveis que permitem a construção dos indicadores de imunizações. Convém ressaltar que alguns indicadores são construídos com dados coletados pelos subsistemas do SI-PNI. Já outros dependem de dados obtidos de outros sistemas de informação, tais como:
(a) Os dados do Sistema de Informação sobre Mortalidade (SIM) para construção do indicador de mortalidade por doenças imunopreveníveis.
(b) Dados do Sistema de Informação sobre Nascidos vivos (Sinasc) que compõem o denominador para avaliar coberturas vacinais em crianças menores de 1 ano e 1 ano de idade.
(c) Dados do censo e estimativas do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) para compor o denominador para calcular coberturas vacinais em populações a partir de 2 anos de idade.