Além do monitoramento descrito, o ente federativo beneficiário deve efetuar a comprovação da aplicação dos recursos financeiros percebidos por meio do Relatório Anual de Gestão (RAG):
Esse relatório será analisado pelo Sistema Nacional de Auditoria (SNA), que acompanhará a conformidade da aplicação dos recursos transferidos nos termos do disposto no art. 5º do Decreto nº 1.232, de 1994.
Os recursos financeiros recebidos serão movimentados sob fiscalização do respectivo Conselho de Saúde, sem prejuízo da fiscalização exercida pelos órgãos do sistema de controle interno do Poder Executivo e pelo Tribunal de Contas da União.