O sistema de planejamento do SUS busca reconhecer que cada uma das esferas de gestão vivencia processos e dinâmicas os quais influenciam na saúde da população. É no município que se inicia o mapeamento das necessidades territoriais.
O primeiro ano da gestão municipal é voltado para o ajuste e execução do último ano do Plano de Saúde Municipal em curso, para o conhecimento do planejamento regional, estadual e nacional vigentes.
A partir disso, inicia-se a elaboração do diagnóstico territorial para a proposição de iniciativas que conformarão a política de saúde subsequente no âmbito municipal.