A Chlamydia trachomatis é o agente mais comum de UNG. É uma bactéria, obrigatoriamente intracelular, que também causa o tracoma, a conjuntivite por inclusão no recém-nascido e o linfogranuloma venéreo. Vários outros agentes têm sido responsabilizados por essas infecções: Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma hominis, Trichomonas vaginalis, dentre outros.