Sob a prótese total, a ação tampão da saliva é diminuída. Isso, somado aos maus hábitos de higiene oral de alguns pacientes, permite a proliferação de microrganismos, principalmente Candida albicans. Assim, é comum usuários de prótese total desenvolverem candidíase eritematosa (ou candidíase atrófica crônica), uma lesão na mucosa relativa à área de suporte das próteses, principalmente no palato. Essa resposta inflamatória pode ser localizada ou difusa, lisa ou papilomatosa. Fatores irritantes como porosidades na base da prótese podem ser coadjuvantes na instalação e manutenção das lesões. O tratamento para a candidíase nesses casos consiste na regularização e polimento da base da prótese, melhora da higiene do paciente (tanto da boca, quanto da prótese) e diminuição do tempo de uso da prótese, com a suspenção do uso noturno.