Inovador e bem construído, o programa tinha forte ênfase na transformação das relações interpessoais pelo aprofundamento da compreensão dos fenômenos no campo das subjetividades.
Entretanto, o fato de o PNHAH enfocar apenas instituições hospitalares e restringir-se à assistência, sem um método que avançasse efetivamente sobre a raiz das causas associadas ao quadro de esgotamento da saúde, levou o MS a extingui-lo em 2002. Ao analisar o sentido de humanização contido nos documentos do PNHAH, Deslandes (2004, p. 13) critica assinalando como:
“[...] aspecto fundamental e pouco explorado nos documentos (do PHNAH) diz respeito às condições estruturais de trabalho do profissional de saúde, quase sempre mal remunerado, muitas das vezes pouco incentivado e sujeito a uma carga considerável de trabalho. Humanizar a assistência é humanizar a produção dessa assistência.”